位於飛鳳山半山腰的雲谷寺，主祀觀音菩薩，當地耆老亦稱祂為「觀音廟」。每當行徑此處，對於雲谷寺的感覺是清幽、莊嚴，而建築總是處於修繕狀態，廟內不見任何沿革記載，或許前來的時間點都不對，跑了幾趟後，終於得知負責人會在廟裡的時間，於是按著工作人員說的這一天，我終於拜訪到負責人張依慈女士。
張女士表示，本寺是她的外公楊福來先生和其他人，在日本時代創立的， 並擔任第一任住持，也是六位寺產管理人之一。後來因發生了幾件事，日昭和 14 年(1939)外公才不得不放棄管理人及住持之職，全家遷徙到花蓮定居， 民國 37 年辭世於東部。以前只是聽長輩說過， 外公與雲谷寺有淵源，且香火很旺，其餘的細節則沒多提，且事隔多年，遠居於花蓮的他們也不知道廟的近況。
民國 64 年，娘家舅舅送來了外公楊福來遺留下的手稿，其中有許多是有關雲谷寺的記載資料，希望有人可以幫忙整理，當時因為工作忙碌，並未細讀， 但願意接受協助處理。直到民國 83 年， 一次偶然的機會， 她回到芎林處理事務時，突然對雲谷寺的事蹟起了好奇心，想看看當年外公創立的寺廟現在如何，不料，映在眼前殘破不堪的雲谷寺，讓她非常難過與不忍， 心想， 雲谷寺不是香火鼎盛嗎?回去後，久久無法忘懷雲谷寺的殘破樣貌，於是開始起了想整頓、恢復雲谷寺原有樣貌的念頭。
依楊福來留下的資料顯示，楊氏先祖由廣東潮州府普寧縣渡台。楊福來出生於清同治 13 年(1874)， 九芎林赤柯寮庄人， 光緒年間新竹縣學「生員」（秀才）。
清光緒 8 年(1882)開始學習漢文。
清光緒 13 年(1887)詩文講習。
清光緒 19 年(1893)漢文卒業後，旋即擔任漢文老師。清光緒 20 年(1894)在寶山學文書室擔任老師。
日明治 28 年至 29 年(1895-1896)，在六家隘口竹林書室擔任老師。
日明治 30 年至 31 年((1897-1898)，在芎林倒別牛庄土名燥坑雲山書房擔任老師。
飛鳳山上除了雲谷寺，還有一座代勸堂，當初建廟時，雙方有緊密關聯性。代勸堂當時稱為飛鳳山聖帝廟，祀奉關公，日明治 32 年(1899) 是由楊福來協同溫德貴等當地士紳、教師創建，並由楊福來擔任首任堂主。後因民間祭祀神祇的區別，楊福來與黃阿順等才在明治 37 年(1904)甲辰秋於飛鳳山「新竹州竹東郡芎林庄倒別牛土名燥坑廿八番地」，另外募建了雲谷寺，總稱「斋堂」。原始資料上並記載「雲谷寺金幢教開基掌教之人楊福來從師拜祖投陳榮昌為金幢教開示師懸華寶懺全部新竹東勢存斋堂主持黃清海傳授牒文道場科儀…」。
明治 41 年(1908)， 飛鳳山兩間寺廟分別成立了祭祀公業， 並以祭祀公業之名義分別在芎林購買了許多不動產作為兩寺廟每年祭祀、善款的費用並委由六位管理人共同管理、保管土地。(代勸堂的祭祀公業名為「聚雲祀」， 雲谷寺的祭祀公業名為「進德嘗」)。兩間寺廟的宗教及一般行政事務均由楊福來先生管理，帳目則由其他專人處理。
楊氏於募建雲谷寺後，為了精進佛學，於日大正 8 年(1919)渡海至日本京都西本願寺真宗本願派取經，獲得佛教的度牒，返台後成立了日本官方許可的「佛教研究會」，召集信徒宣揚教義，並講述台灣史。
日本時代，台灣總督府施行鴉片專賣政策，謀以鴉片謀取暴利和掌控台灣人，果然鴉片讓那些成癮者墮落於其間。於是部份寺廟為了拯救台 人，開始設鑾勸善，以宗教之力，反毒戒毒，一時之間這些寺廟都成為日本政府的對立者，許多寺廟在日人的分化收買、高壓下退縮了。日本官方認為楊福來在當地既是堂主也是主持，反毒、戒毒的活動又很強， 是個有影響力的人物，且疑有政治意圖，因此暫不採取直接手段，而改為收買奸細，以佈建內偵（線民）的方式監視楊福來，尋找適當時機給與罪名。
在日人的施壓，加上奸細不斷散播謠言，使得楊福來處於內憂外患下， 只好被迫辭任，暫時離開芎林。這時剛好蔣渭水主導的台灣民報倡設「夏季學校」，楊福來即到竹南郡尖山下永清宮勸善堂堂主胡榮水設立的夏季學校「藏修書院」教書。但許多地方人士表示，寺廟事務仍需由他協助處理，楊福來只好又回到飛鳳山兩寺廟繼續完成受託之事。但是楊福來的反毒初衷仍然不變，而栽贓陷害也未停止。
日大正 14 年(1925)初，楊福來被日警拘於樹杞林警署 21 天後，送至新竹，幸而檢察官查明無罪後釋回。同年， 楊氏為效新法免陷於律，乃出任野田憲城先生創設的「法律研究新報社」新竹支局長，支局長任內曾到蔣渭水等人的「出獄慰問會」参訪。後來因緣際會為深入社會服務， 導正風氣，更於日昭和 7 年(1932)在雲谷寺內成立了類似現今中途之家的「居家教育會」，目的是希望由楊氏扮演觀護人的角色協助失足青年重返正途，讓家庭教育與宗教教育、法制教育相結合，以寺廟為教化的場所，使青年子弟不再觸法。
昭和 13 年(1938)，楊福來的一個兒子受栽贓陷害遭捕，為了防範其他家人再次被害，楊福來決心先行安排家人遷居到花蓮，最後他再到花蓮與家人會合， 遠離是非之地。但遭捕的兒子逃脫不了， 2 年後死於台中牢房。
隨著歲月的流逝，民國 34 年台灣渡過了日治時期，改由國民政府接管台灣，歷史事件雖然過去了，但，雲谷寺的是是非非仍持續在進行。民國 40 年前後，雖然寺廟仍有管理人，但進德嘗祭祀公業的土地卻沒有加入全國土地總登記之列，因此雲谷寺只好自力更生了。民國 71 年雲谷寺又不幸遭祝融之害，當時的住持慧貞法師只有向外化緣，進行廟宇修繕，不料，民國 81 年她卻仙逝於中國，故修繕工作停滯。雲谷寺多年來人事爭奪不斷，而寺務在管理制度不全下，更顯得殘破窘狀。
張依慈為了恢復雲谷寺舊貌，以慰先人創建之辛勞，也為了地方上有個清靜的道場， 自民國 83 年開始參與廟務， 同時， 期以新作為、新方法改革舊有制度，但期間阻擾不斷。直到見果師父全力協助下，她才能漸漸改善寺務，民國 106 年在各方有志之士的幫助下，終於召集了信徒大會，恢復「雲谷寺」寺廟登記。張女士期許今後在佛教界及全體志工的幫助下，寺務能依規章制度運行不輟，這樣，才不負當年外公一群人創建本寺的心血。
